Il existe une seconde zone dans laquelle il est possible de placer les cartes de jeu : la zone “Extra Deck”.
L’Extra Deck est un Deck supplémentaire composé uniquement de monstres Fusion, Synchro, Xyz et Lien. Les cartes qui le constituent seront également face verso. Il est aussi possible d’avoir des Monstres Pendule dans l’Extra Deck. Ces derniers sont envoyés face recto lorsqu’ils quittent le Terrain. Les cartes placées dans cette zone ne peuvent pas être invoquées normalement. Elles demandent toutes une méthode d’invocation différente.
Pour en savoir plus sur l’Invocation Lien, XYZ, Pendule, Fusion ou Synchro (À venir).
Il est possible de consulter son Extra Deck quand on le souhaite, mais il est interdit de consulter l’Extra Deck de l’adversaire.